第８帝国軍との戦いから半年、先史文明調査機関「ソシエテ」からの依頼を受けパルディア大陸へと向かったマグ・リニア・グレ・チェインの４人。途中、盗賊団「赤い狼」と頭目カルカーノの襲撃を受けるが、無事ミューゼルの町に到着した４人は、ソシエテ首席ホワイトヘッドに面会し遺跡発掘調査を依頼される。新たなる冒険に胸を弾ませるマグたち、だが彼らの回りに徐々に異変が起き始めていた。マグ、リニアの前に幻のように現れては消える謎の少年ユルカ正体は？マグの冒険の行方は？エヴォリューションでは明らかにされなかった謎が、今解き放たれようとしている。