氷原に住むポケモンの調査に来ていたロンド博士と息子のトオイは、隕石の衝突のショックで起きた爆風に呑まれ、幻のポケモン「デオキシス」とてんくうポケモン「レックウザ」の戦いに巻き込まれてしまう。…それから４年後、ポケモンバトルにやってきたサトシたちは、偶然トオイと出会うが、トオイは４年前の事件のショックですっかりポケモンが苦手になっていた。やがてそこに「デオキシス」が現われて…！？ＤＳＶｉｓｉｏｎに、劇場版ポケットモンスターのデータが入力された「プリレコード版」が登場。今作には「裂空の訪問者デオキシス」を入力！※『ＤＳＶｉｓｉｏｎ専用アダプタ単体パッケージ』を使用することで、ＤＳ本体での視聴が可能。