ＲＰＧと対戦の２部構成だった『ポケモンコロシアム』から、ＲＰＧ部分を大幅にボリュームアップ。ポケモンの新・本格ＲＰＧがＮＧＣで始動！ポケモンを使って悪事を企てる謎の組織。心を閉ざされ、戦闘マシンのようにされた「ダークポケモン」。プレイヤーは“スナッチマシン”という装置でポケモンの心を開放し、謎の組織から救い出す冒険の旅に出かけることになる。物語のカギを握るのは幻のポケモン“ダーク・ルギア”。ダーク・ルギアの暴走を止め、ココロを開くことはできるのだろうか？！　ＧＢＡ版『ポケットモンスター』で育てたポケモンたちを、３Ｄグラフィックで対戦させることもできる。