現在も数多くのファンが存在し、次々に続編が制作され続けている「ガンダム」シリーズ。特に、主人公のシャア・アズナブルの人気は現在もまったく衰えることがない。本作は劇場用三部作の第2弾。キャラクターデザイン及びアニメーション監督=安彦良和、監督=富野喜幸(現:富野由悠季)。主題歌の「哀 戦士」を井上大輔が歌った。否応なしに戦いに巻き込まれ、戦略のコマにされていく“ホワイトベース”とアムロたち少年兵。地球へ辿りつけば解放されると思っていたアムロたちだったが、そのまま地球連邦軍本部ジャブローへ向かうことになる。その航行中にもホワイトベースにはさまざまな人間が訪れ、戦い、そして去っていった。ブライトとの対立が元で艦を降りたアムロが出会った、敵の士官ランバ・ラル。少女ながら敵のスパイとしてホワイトベースに潜入し、少年兵のひとり・カイと心を通わせたミハル。そして、アムロ憧れの女性・マチルダとの短か過ぎる交流。仲間の死を経験し、敵の死に様を見、アムロたちは少しずつ人間として成長していく。さらに、一部のパイロットの能力に、ある異変が起き始め…。