石ノ森章太郎の同名漫画をアニメ化した劇場用作品第２弾。自らの意志に反してサイボーグ化手術を施されてしまった９人のサイボーグ戦士たちの、戦いと悲哀を描いたＳＦアクション。世界各地に海底恐竜プレシオサウルスが出現し、暴れ回っているという。恐竜の正体をＢ・Ｇ団が開発した新兵器だとにらんだギルモア博士は、再び００９たちサイボーグ戦士を召集する。早速、次にプレシオサウルスが現れそうな島に船で向かう００９たち。だが、船にはジョーが事故から助けた女性・ヘレナが密航していた。仕方なくヘレナを乗せたまま、島に向かうことに。だが、ヘレナはなんと００９たちの抹殺を命じられた新たなサイボーグ、００１０だったのだ！　ヘレナに惹かれつつあったジョーは、彼女を見逃してやるが…。