ブエノスアイレスで高校生活を送っていたジョニー・リコは両親の反対を押し切って軍隊に入る事を決意する。軍役に就けば市民権が得られる事もあるが、恋人であるカルメン・イバネスがパイロットになるべく宇宙海軍アカデミーに入学する事も動機のひとつだった。折しも地球は“アラクニド種”と呼ばれる昆虫型異星生物(バグズ)の襲撃を受けており、機動歩兵隊に配属されたジョニーにも過酷な訓練が待ち受けていた。実弾訓練中の事故の責任を取って一度は軍を離れようとしたジョニーだったが、遂に始まったバグスの母星クレンダス星からの攻撃によって故郷が壊滅した事が彼の闘志に火を点けた。そしてついに機動歩兵としてバグズの本星へ突撃したジョニーだったが、彼がそこで見た物は敵の圧倒的戦力の前に簡単に殲滅していく地球軍の姿だった……。