有史以来続いてきた犬族vs猫族の闘い。その戦いの歴史に、新たな展開が始まろうとしていた。閑静な住宅地に暮らすブロディ教授の愛犬が何者かによって誘拐されてしまう。このブロディ教授は人間の犬アレルギーを治す画期的な新薬を開発中。このことに危機感を抱いた世界征服の野望を抱く猫族のリーダー、ミスター・ティンクルズは逆に、ブロディ家を突破口に永年の野望実現を目論むのだった。それを知った犬族の諜報局員たちはブロディ家に優秀なエージェント犬を送り込むべく画策するのだが、手違いから何も知らないビーグル犬のルーが教授のペットとなってしまう。犬族は仕方なくルーを優秀な諜報犬にするべくサポートするのだが、猫族も様々な刺客を送り込み、ここに壮絶な死闘が始まるのだった……。