かつては世界の危機をいくつも救ってきたスーパー・ヒーローたちだったが、15年前にその桁外れの破壊力が問題視されて以来、スーパー・ヒーローとして活動することを禁じられていた。いまでは正体を隠し一般市民として暮らし、その大きな身体を持て余し気味のMr．インクレディブルもそんな元スーパー・ヒーローの一人。そして彼の愛する妻と3人の子どももスーパー・パワーの持ち主。彼らもそれぞれに不満や悩みを抱えていた。その頃、元ヒーローたちが次々と行方不明になる不穏な事件が続発、そしてインクレディブル一家にも陰謀の影が迫っていた…。