太平洋沖に墜落した未確認飛行物体の調査中に謎の“青い光”に遭遇、凶悪なビースト“ザ・ワン”に変化してしまった海上自衛隊員の有働貴文。彼は防衛庁の特殊機関ＢＣＳＴ（対バイオテロ研究機関）の監視を逃れ行方をくらます。一方航空自衛隊Ｆ１５Ｊパイロットの真木舜一は空中で“赤い発光体”と衝突、奇跡的に生還した彼の身体にもやがて異変の兆しが現われる。先天性の疾患を持つ一人息子のために退官した真木をＢＣＳＴは強制的に連行し監視下に置く。するとそこへ行方不明になっていたザ・ワンが現われ、真木に対する攻撃を開始するのだった…。