世界的ベストセラー・シリーズを「チャーリーとチョコレート工場」のフレディ・ハイモア主演で映画化したミステリアス・アドベンチャー。妖精たちの秘密が記録され封印されていた禁断の書を開けたことから悪の妖精までも呼び覚ましてしまった姉弟の冒険を最新技術を駆使して描く。かつて大叔父アーサー・スパイダーウィックも住んでいた古い屋敷へ引っ越して来た3人の姉弟。彼らはそこで、“決して読んではいけない”とメモが貼られた一冊の書を発見する。しかしそれを開いてしまうと、そこには80年以上前にアーサーが調べた様々な妖精たちの研究内容が記されていた…。