日本を代表するロボットアニメ最新シリーズの第２シーズン。前作から４年後を舞台に、主人公が属する私設武装組織ソレスタルビーイングの再起と、歪んだ世界の是正、そして世界の革新が描かれていく。　西暦２３１２年。世界は国連軍の独立治安維持部隊・アロウズの手で力による統一がなされた。この過程で反政府組織や思想への弾圧、虐殺が行なわれ、世界は未だ歪んだままであった。　４年前の戦いで、ソレスタルビーイングはその戦力が散り散りとなっていた。かつての戦いを生き延びた刹那・Ｆ・セイエイはガンダムエクシアを駆り、孤独な戦いに身を投じていた。だが、生き延びていたソレスタルビーイングのメンバーとついに合流。同時に刹那は、新型ガンダム・ダブルオーガンダムを手にする。さらに新メンバーを加えたソレスタルビーイングは、アロウズに捕えられていた仲間を救出し、反撃の狼煙を上げる。自分たちが招いた歪んだ世界を破壊するために……。