人気SFアクション“マクロス”シリーズの最新作として2008年に放映されたTVアニメ「マクロスF(フロンティア)」の劇場版。TV版をもとに大量の新作カットも加えてストーリーから新たに再構築して描き出す。西暦2059年。パイロットを目指す少年、早乙女アルトは銀河移民船団“マクロス・フロンティア”の中で閉塞感に苛まれていた。そんな時、銀河頂点の歌姫シェリル・ノームのコンサートツアーが船団にやって来る。シェリルに憧れる少女ランカ・リーとともに会場にいたアルト。やがて突然の戦乱に巻き込まれた3人。少女たちを守るため、最新型可変戦闘機VF-25に乗り込むアルトだったが…。