青山剛昌原作の人気TVアニメの劇場版第11弾。南の島を舞台に、海賊が遺した財宝伝説を巡って引き起こされたトレジャー・ハンター殺人事件の謎に挑むコナンの活躍を描くミステリー・アドベンチャー。小五郎に連れられ、太平洋に浮かぶ“神海島(こうみじま)”にバカンスに訪れたコナンたち一行。その島には、海に沈む古代遺跡“海底宮殿”と、300年前に実在した2人の女海賊が遺した財宝伝説が語り継がれていた。そのため、多くのトレジャー・ハンターが集まってきていた。そんな中、海底宮殿で財宝探しをしていたダイバーがサメの群れに襲われ死亡する悲劇が発生するのだが…。