青山剛昌の同名人気コミックの劇場版アニメ第12弾。今回はコナンが苦手な“音楽”をテーマに、コンサート会場に詰めかけた観客の命が危険にさらされる中、コナンがクラシック音楽に仕組まれた謎に挑む。高名な元ピアニスト堂本一輝の門下生たちが殺害される事件が発生する。そんな中、堂本音楽ホールのこけら落としコンサートに招かれるコナンたち一行。しかし、今度はコンサートの主役であるソプラノ歌手・秋庭怜子の命が狙われる。その時は、コナンのおかげで間一髪、彼女は一命を取り留める。そして迎えた本番当日、入場直前にコナンは何者かに襲われ意識を失ってしまう。そのことに気づかず、会場へと向かう蘭たちだったが…。