プレイステーション２用ゲームソフト『ペルソナ３』を原案に、オリジナルのキャラクターとストーリーで描かれるアニメーション作品。物語の舞台は、同時多発無気力症による災害から復興を遂げた未来型新興都市の綾凪市。再び無気力症が確認され、さらに学生が殺されるという殺人事件が発生する。高校生の神郷慎と弟の洵、長男で綾凪警察署の署長である諒の三兄弟がこれらの事件に巻き込まれていく。そして、神郷三兄弟は事件をきっかけに、異形の姿へと変じる“ペルソナ”の力を覚醒させる。異能の力に目覚めた彼らの運命は、この先どうなるのか。