新西暦２０２年、地球は宇宙より来襲した未知の知的生命体、スペース・エミグラント（ＳＥ）の手に落ちた。それから１００年、地表を奪われた人類は、海底に都市を築き、密かに地球奪回のチャンスをうかがっていた。そして今、大いなる使命と人類の希望とを胸に５人の電脳少女が動き出す。その名は「ヴギィ’ズ・エンジェル」！対ＳＥ用に造られた彼女達は、人類の切札として、たった５人でＳＥが占拠する地表へと出撃する。自分達の存在意義という葛藤の中、遂に彼女達はＳＥの本拠地に辿り着く。人類の、そしてヴギィ’ズ・エンジェルの運命は…？