TVアニメやOVA、舞台と多角的な発展を続ける女性向け人気恋愛アドベンチャー・ゲーム『薄桜鬼』初の劇場版アニメ。幕末を舞台に、新選組と出会った一人の少女が彼らとともに激動の時代を駆け抜け、自らの宿命と立ち向かっていく姿を完全新作の二部作で描き出す。本作はその第二部。監督はTV版に引き続きヤマサキオサム。鳥羽伏見の戦いからの撤退の後、甲陽鎮撫隊として甲府に向かった新選組。彼らは相次ぐ戦闘による疲弊と離脱者の増加で、さらなる苦境に追い込まれていく。そんな中、新選組と共に生きることを選んだ千鶴に対し、土方もある決意を固めるが…。