人気絵本作家ウィリアム・ジョイスのベストセラー絵本を「アイス・エイジ」のクリス・ウェッジ監督で映画化したアドベンチャー・アニメ。ひょんなことから小さな人々が暮らす不思議な森に迷い込んだヒロインの大冒険を、最新のCG技術でスペクタクルに描き出す。研究者の父と暮らすために、彼の研究拠点である森の奥の家へとやって来た少女メアリー。しかし父は、この森にいるという“小さな人”の研究に夢中で、かまってもらえないメアリーは、愛犬オジーを追って、ひとり森の中へ。やがて彼女は行き倒れていた小さな女性と遭遇し、彼女から小さな花のつぼみを託され、森の賢人ニム・ガルーに届けてほしいと頼まれる。それを手にした途端、自分も小さくなってしまったメアリーだったが…。