和月伸宏の人気コミックスを佐藤健主演で実写映画化し大ヒットした「るろうに剣心」の続編にして完結編を、前後編2部作で描くアクション・エンターテイメント超大作の後編。日本転覆を目論む志々雄の野望を阻止せんと最後の戦いに臨む剣心の運命を描く。監督は引き続き「龍馬伝」「プラチナデータ」の大友啓史。日本征服を狙い強大な武装集団を作りあげた志々雄を討ち取るべく京都へ向かった剣心だったが、志々雄一派の圧倒的な力の前に苦戦を強いられる。やがて志々雄が甲鉄艦・煉獄で東京へと攻め入ろうとする中、このままでは志々雄を倒すことは出来ないと悟った剣心は、再会した師匠・比古清十郎に奥義の伝授を懇願するが…。