スーパー戦隊シリーズ生誕40周年という節目の年に放送を開始した、シリーズ39作目の作品。「忍者戦隊カクレンジャー」「忍風戦隊ハリケンジャー」に続き忍者をモチーフとした戦隊であり、伝説の忍者の末裔で血縁関係の深い若者5人が邪悪な妖怪との戦いに挑む姿を描く。“忍びなれども忍ばない!”というキャッチフレーズが表すように、本作の忍者は忍ぶことなく派手な戦いを繰り広げるという特徴を持ち、楽しくも清々しい型破りな忍者像が見所の一つとして掲げられた。メインライターは「BLEACH ブリーチ」「サーバント×サービス」の下山健一が担当。
戦国時代、伊賀崎家率いる忍者軍団との戦いに敗れ葬られた最悪の武将・牙鬼幻月は、予言通り444年後に妖怪として復活。再び世界を恐怖で支配しようと企んだが、今度はラストニンジャ・伊賀崎好天の術によって封印されてしまった。それから時は流れ、現代。放浪の旅から戻ってきた青年・伊賀崎天晴は、妹の風花、いとこの八雲、凪、霞と共に父親・旋風に呼び集められ、かつて好天が封じた牙鬼が復活を目論んでいることを知る。伊賀崎家の末裔として人々のために戦うことを決意した5人は、“手裏剣戦隊ニンニンジャー”へと変身。忍ぶことを知らない派手な戦闘スタイル“手裏剣忍法”を駆使して妖怪退治に挑んでいく。