長年にわたって愛され続ける異色のヒーロー・キャラクター“ミュータント・ニンジャ・タートルズ”が活躍するマイケル・ベイ製作の大ヒット・アクションの続編。監督は「アース・トゥ・エコー」のデイヴ・グリーン。レオナルドたちタートルズの活躍で逮捕されたフット軍団のリーダー、シュレッダー。しかしマッドサイエンティストのストックマン博士と、部下の最狂コンビ、ビーバップ＆ロックステディの協力で脱獄に成功する。TVレポーター、エイプリルとともに再びシュレッダー打倒に立ち上がるタートルズだったが、イノシシとサイのミュータントに変貌したビーバップ＆ロックステディに苦戦する。そんな中、異次元から地球征服を目論む悪の帝王クランゲの脅威も迫り、最大の危機を迎えるタートルズだったが…。