大ヒット・アニメ「Mr．インクレディブル」の続編。伝説のヒーロー、Mr．インクレディブルことボブ・パーとその家族を主人公に、世界を揺るがす恐るべき陰謀に力を合わせて立ち向かうヒーロー一家の活躍を描く。監督は引き続きブラッド・バード。ヒーローとして街の平和を守ってきたボブたちパー一家だったが、ある事件がきっかけでヒーロー活動を禁じられ途方に暮れてしまう。そんな時、妻ヘレンのもとにヒーロー復活をかけたミッションが舞い込む。留守を預かることになったボブは、年頃のヴァイオレットやダッシュ、いまだにスーパーパワーが未知数の末っ子ジャック・ジャックの世話に奮闘するも慣れない家事と育児に悪戦苦闘。一方、重要な任務を託され再びヒーローとして活躍するヘレンのもとには、世界を恐怖に陥れるある危険な陰謀が忍び寄っていたのだが…。