サンライズ制作の大人気SFロボットアニメ「コードギアス 反逆のルルーシュ」シリーズの完全新作劇場版。TVシリーズに新規カットを加えて再構成した劇場総集編3部作(2017～18年公開)の続編として制作され、“ゼロ・レクイエム”の2年後を舞台に新たな物語が紡がれる。監督の谷口悟朗、脚本の大河内一楼をはじめとする前作のメインスタッフが、引き続き制作を手がける。
光和2年。世界は再編成された超合集国を中心にまとまり、ルルーシュが遺した平和を維持していた。しかしある日、難民キャンプを慰問していたナナリーとスザクが謎のナイトメアフレームの襲撃に遭い、連れ去られてしまう。カレン、ロイド、咲世子は、シュナイゼルの密命を受けて戦士の国・ジルクスタン王国に潜入。だがそこで3人が目にしたのは、謎の襲撃者から“元嚮主様”と呼ばれるC．C．の姿だった。