X-MENの誕生を描いた「X-MEN:ファースト・ジェネレーション」に始まる新トリロジーの最終章となるSFアクション大作。長き封印から目覚めた最古にして最強のミュータント“アポカリプス”と若きX-MENの壮絶な戦いの行方を描く。監督は引き続きブライアン・シンガー。1983年、プロフェッサーXは“恵まれし子らの学園”で若きミュータントの教育に尽力し、マグニートーは身を隠して妻子とともに静かに暮らしていた。そんな中、かつてその強大なパワーで神と崇められた人類史上初のミュータント“アポカリプス”が長き眠りから目覚める。そして堕落した人類への怒りを募らせた彼は、世界の再構築を決意する。そんなアポカリプスの恐るべき野望を阻止すべく、若きX-MENのパワーを結集して立ち向かうプロフェッサーXだったが…。