見た目は赤ちゃん、中身はおっさんの主人公が巻き起こす大騒動を描いたドリームワークス・アニメーションの大人気コメディ・アニメ「ボス・ベイビー」の劇場版第2弾。前作の25年後を舞台に、すっかり大人になったボス・ベイビーとその兄ティムが再び赤ちゃん姿に戻り、家族と世界を救うため壮大なミッションに挑む。監督は前作に引き続き「マダガスカル」シリーズのトム・マクグラス。
子犬と死闘を繰り広げたあの出来事から25年。身も心もすっかり大人になったボス・ベイビーはエリート社長として成功を収め、兄のティムは娘のタビサとティナを育てる専業主夫として幸せな生活を送っていたが、2人はいつしか疎遠になっていた。そんなある日、悪の天才博士が世界征服を企んでいるとの情報を入手したベイビー社は、ボス・ベイビーの力を借りるべく彼らの元に“ボス・レディ”を派遣する。しかし、2人の前に現れたボス・レディの正体はなんとティムの次女ティナだった。ティナから新たな任務を伝えられたボス・ベイビーとティムは、スーパーミルクで“赤ちゃん返り”し、潜入捜査を開始。こうして2人は、家族と世界を救うため前代未聞のミッションに挑むことになるのだった。